دکتر مهدی خلیلی دارای دکترای فلسفه علم از دانشگاه وریه آمستردام (Vrije Universiteit Amsterdam) است. او که پیش‌تر تحصیلات خود را در زمینه مهندسی صنایع از دانشگاه امیرکبیر و فلسفه علم از دانشگاه صنعتی شریف ادامه داده بود، در زمینه‌هایی چون فلسفه علم و نظریه‌های علمی به‌ویژه مکانیک کوانتومی پژوهش می‌کند.

وی در پادکست‌ها و برنامه‌های مختلفی به گفتگو پیرامون فلسفه علم پرداخته و تجربه خود از تحصیل در هلند و تفاوت‌های فرهنگی میان ایران و هلند را نیز به اشتراک گذاشته است.